De Cranio-Sacraaltherapie is ontstaan vauit de osteopathie. De Amerikaanse osteopaat W. G. Sutherland heeft het belang van het systeem onderkend en is verantwoordelijk voor de meeste technieken die vandaag nog worden gebruikt. Onderwijs van de methode begon rond 1940, waarna vanaf 1970 een explosie van ontwikkeling onstond door het werk van J. Upledger.
Door de opvallende resultaten en nieuwe technieken, heeft de Cranio-Sacraaltherapie zich ontwikkeld tot een zelfstandige therapievorm. Inmiddels wordt dit werk niet meer alleen door klassieke osteopaten geleerd en uitgeoefend. Vele tienduizenden studenten over de hele wereld zijn in staat gebleken de redelijk eenvoudige en „natuurlijke“ technieken te leren en met succes toe te passen.
De laatste jaren wordt, met name in Amerika, gewerkt aan het verzamelen van wetenschappelijk onderzoek om de erkenning van deze therapie binnen de medische wereld te ondersteunen. Daarnaast worden de basistechnieken geleerd aan jonge moeders, leraren, verzorgers en dergelijke.