Sommige behandelaars zullen vooraf vragen stellen om inzicht te krijgen in de oorzaak en samenhang van de klachten. Deze vragen kunnen betrekking hebben op zowel fysieke als psychische klachten, op erfelijke aandoeningen, ongelukjes, ongevallen en bijzonderheden betreffende de bevalling.

Aangezien Cranio-Sacraaltherapie het lichaam uitnodigt weer zoveel mogelijk te gaan functioneren zoals het bedoeld is en het zelfherstellend vermogen stimuleert, is het soort klachten dat behandeld kan worden zeer divers. Garanties kunnen echter ook bij deze therapie nooit gegeven worden. Ook zonder concrete klachten kan behandeling worden aanbevolen ter bevordering van innerlijke rust en algeheel welbevinden.

Klachten waarbij de therapie zijn waarde heeft bewezen zijn onder anderen :