Bij Cranio-Sacraaltherapie worden niet de ziektesymptomen op zich behandeld maar vindt behandeling plaats van "de cliënt". De behandelaar schenkt niet alleen aandacht aan de klachten, maar ook aan de mogelijke oorzaken ervan. Deze oorzaken kunnen van puur fysieke aard zijn, maar ook van psychische aard of een combinatie hiervan. Om deze reden is het dan ook niet mogelijk om een standaardbehandeling voor een bepaalde klacht te geven.

Veelal wordt aan de schedel, de wervelkolom en het heiligbeen behandeld. Het ritme van het Cranio-Sacraal systeem is echter ook op andere plekken over het hele lichaam voelbaar. De behandelaar zal de frequentie en kracht van het ritme op de verschillende plaatsen van het lichaam ervaren. Op deze manier worden bewegingsverstoringen van bindweefsel, verkrampingen en disbalans binnen het lichaam vastgesteld. De behandelaar zal werken aan het optimaliseren van de elasticiteit en ruimte binnen de schedelbeenderen en de overige delen van het Cranio-Sacrale systeem. Daartoe zal de behandelaar in het ritme meegaan en een lichte druk op het systeem uitoefenen. Op deze manier wordt het lichaam uitgenodigd zich te ontspannen en ruimte te scheppen. Binnen deze nieuwe therapievorm, die sinds de negentiger jaren wordt beoefend, wordt het puur lichamelijke werk soms aangevuld met Somato Emotional Release. Indien de lichamelijke blokkade een emotionele historie heeft die nog niet is opgelost, dan is het mogelijk om met het trauma "in gesprek te gaan."